Lulusan S2 PAI diharapkan mampu menjadi: Pertama, sebagai pendidik/akademisi pendidikan di bidang Pendidikan Agama Islam pada jenjang perguruan tinggi, pendidikan menengah, dan pendidikan dasar. Seorang akademisi/pendidik yang mampu mengembangkan pembelajaran PAI berbasis riset ilmiah, teknologi, dan informasi. Mampu memecahkan permasalahan pembelajaran PAI berdasarkan teori kependidikan secara umum dan teori pembelajaran PAI melalui pendekatan inter atau multidisipliner. Bersedia untuk berbagi pengalaman terkait pengembangan dan peningkatan kualitas pembelajaran PAI yang kreatif dan inovatif melalui forum diskusi, seminar, dan konferensi kependidikan Islam. Kedua, sebagai peneliti dan pengembang bahan ajar PAI yang berkepribadian baik, berpengetahuan luas dan mutakhir pada bidangnya, serta mampu melaksanakan tugas dan bertanggung jawab berlandaskan ajaran dan etika keislaman, keilmuan, dan keahlian. Seorang peneliti yang mampu mengembangkan keilmuan kependidikan Islam melalui diseminasi gagasan dan riset ilmiah dengan pendekatan inter atau multidisipliner. Mampu mengusulkan solusi masalah kependidikan Islam yang kontekstual berbasis pada riset dan kajian teoritis kependidikan secara umum dan teori pendidikan Islam. Bertanggung jawab dalam mengkomunikasikan hasil riset dan karya tulis ilmiah kependidikan Islam pada media diskusi, seminar, dan jurnal ilmiah yang terakreditasi.

Ketiga, sebagai konsultan/praktisi PAI yang mampu mengembangkan keilmuan dan keterampilan tentang pendampingan, konsultasi, fasilitasi, mediasi, dan pelatihan berdasarkan kajian sosiologi dan psikologi PAI. Seorang konsultan/praktisi PAI yang mampu menyajikan beberapa alternatif pengembangan sekolah Islam, madrasah, dan pesantren dalam bentuk konsultasi, fasilitasi, mediasi, dan pelatihan berdasarkan kajian sosiologi dan psikologi PAI. Bersedia bekerja sama dengan pihak lain seperti orang tua, guru, dan atau pengelola lembaga pendidikan informal, formal, dan non-formal dalam pengembangan sekolah Islam, madrasah dan atau pesantren. Keempat, sebagai manajer/pemimpin dalam bidang kependidikan Islam yang mampu mengembangkan keilmuan kependidikan Islam di lembaga sekolah Islam maupun di pondok pesantren. Seorang manajer/pemimpin kependidikan Islam yang mampu mengusulkan solusi masalah pengelolaan lembaga pendidikan Islam untuk mewujudkan sekolah Islam, madrasah, dan pesantren yang unggul dan inovatif berdasarkan teori administrasi dan manajemen pendidikan modern. Berani mengambil keputusan terhadap hal strategis dalam pengelolaan sekolah Islam, madrasah, dan atau pesantren berdasarkan teori adminsitrasi dan manajemen pendidikan modern.

Program Studi S2 PAI IAIN Bone selalu berupaya untuk meningkatkan standar pelayanan akademik dan kompetensi mahasiswa agar dapat menjadi salah satu program studi yang unggul, khususnya di lingkup IAIN Bone. Beban studi yang harus diselesaikan oleh mahasiswa Program Studi S2 PAI sekurang-kurangnya 42 SKS yang di dalamnya terdiri dari mata kuliah wajib dan penulisan tesis, dimana masa studi dapat ditempuh dari 1,5 (satu setengan tahun) hingga 4 (empat) tahun. Kurikulum program studi dirancang untuk mengembangkan potensi intelektual, sosial, dan emosional mahasiswa, guna mempersiapkan mereka menjadi individu yang siap menghadapi tantangan lokal, regional, nasional, dan juga global. Selain fokus pada pencapaian akademis, materi pembelajaran juga berorientasi pada pengembangan keterampilan yang dibutuhkan di tengah masyarakat yang terus berkembang. Ini mengintegrasikan pendekatan pembelajaran berbasis proyek dan metode pembelajaran inovatif yang melibatkan mahasiswa secara aktif dalam setiap prosesnya. Berikut ini adalah sebaran materi pembelajaran Program Studi S2 PAI: Studi Interdisipliner Qur’an dan Hadith, Studi Sejarah dan Peradaban Islam, Filsafat Ilmu (Integrasi Islam dan Sains), Metodologi Penelitian PAI, Pengembangan Kurikulum PAI, Pengembangan Metodologi dan Media Pembelajaran PAI, Pengembangan Evaluasi Pembelajaran PAI, Pengembangan Bahan Ajar PAI di Sekolah/Madrasah, Filsafat Pendidikan Islam, Fiqh Kontemporer, Sejarah Sosial Pendidikan Islam, Teori-teori Pendidikan Islam, Sistem Penjaminan Mutu PAI, Filsafat Pendidikan Islam dan Tasawuf, Seminar Proposal Tesis, Ujian Proposal Tesis, dan Tesis.